В УТ 11 есть контактные лица контрагентов? Я что-то не нашел. Перед тем как заводить свое хотелось бы убедиться, что не назадваиваю механизм.

Или теперь на каждого контрагента создается партнер а к партнеру уже контактные лица партнера?

контактные лица у партнеров, даже если партнеры не используются (справочник в этом случае "скрыт", соответствие 1-к-1)