Что-то туплю. Как такое можно сделать?

Список.Номенклатура В ИЕРАРХИИ (Каталог.Ссылка)

не прокатывает

Получать нужно в том числе вышестоящие группы (то есть всю иерархию).

эм ... так получится?

    "ВЫБРАТЬ
    |    ИсключаемаяНоменклатураДляРасчетаСкидок.Номенклатура КАК Номенклатура
    |ИЗ
    |    РегистрСведений.ИсключаемаяНоменклатураДляРасчетаСкидок КАК ИсключаемаяНоменклатураДляРасчетаСкидок
    |ИТОГИ ПО
    |    Номенклатура ТОЛЬКО ИЕРАРХИЯ"

упорядочить по иерархии

или итоги

Это не простая задача, как и все, связанное с иерархией в реляционных СУБД. Пример решения подобных задач можно можно посмотреть здесь http://catalog.mista.ru/public/158512/ и здесь http://catalog.mista.ru/public/160707/ .

+(4) хотя на первый взляд там предлагаются не запросы, а функции, на самом деле достаточно из функции взять только текст запроса, чтобы решить задачу.