Конфигурация самописная, при запуске в режиме отладки запускает как надо, а в режиме предприятия запускает как управляемое приложение, где это настроить?

В свойствах конфигурации.

ярлычок сделать свой

Сорри, нашля в чем косяк

*нашла

Ну не томи.

(5) ну пользователей завела, а у них оказывается тож настройка такая есть)

(6) Да ладно!!!