Добрый день.

Подскажите, где в обычном приложении переключается режим использования итогов/агрегатов для оборотных регистров накопления?

там же где итоги

В обычном приложении этот режим не переключается (в стандартной форме управления итогами).

Для того чтобы включить достаточно зайти в управляемом режиме (например тонким клиентом), открыть "Все функции" и воспользоваться управляемой формой управления итогами.
Она имеет больше возможностей, кроме того позволяет пересчитывать итоги в разделенном режиме.