В документе Счет на оплату покупателю не виден реквизит
Банковский счет организации в БП 3.0.
В константе Использовать несколько организаций галочка стоит.
Релиз конфигурации 3.0.40.34

видимо он единственный.

либо не влезает в поле

а сколько расчетных счетов у организации?

два расчетных счета

А если завести еще одну левую организацию?