найдена ошибка в типовой конфигурации. Оказывается теряется в процедурах значение параметра ВедениеУчетаПоПроектам = Истина, из-за этого неверно пишется (точнее вообще не пишется) аналитика Проект при переоценке себестоимости в затратах. Добавил заполнение этого параметра ошибка с зависшими остатки в партиях ушла.