Добрый день.

Программно вызываю форму выбора справочника с отборами:

СтандартнаяОбработка=Ложь;
Отбор = Новый Структура;
//тут идут отборы
....

ПараметрыФормы = Новый Структура;
ПараметрыФормы.Вставить("Отбор", Отбор);

Результат = ОткрытьФормуМодально("Справочник.НазваниеСправочника.Форма.ФормаВыбораУправляемая", ПараметрыФормы);

Так вот, вопрос, как в эти параметры формы засунуть отключение иерархического просмотра?

Если в самой форме, то там надо типа:
Элементы.Список.Отображение = ОтображениеТаблицы.Список;

Но мне нельзя форму трогать, так как при работе с этим справочником часто и иерархия требуется. И нужно лишь в одном документе для одной роли сделать вот выбор без иерархии.

Если никто не знает как в таком варианте отключить иерархию, то может как то по другому можно вызвать форму выбора с отборами и отключением иерархии?

Получи форму - установи нужную иерархию, а потом уже открой.
Можно еще посмотреть процедуру ПриСоздании  у формы выбора справочника - нет ли там обработки каких дополнительных параметров, которые ставят режим отображения в таблице формы.

Да и, при открытии формы, ставь владельца формы (есть такой параметр у ОткрытьФорму и ПолучитьФорму). Если это просто поле, то значение туда станет автоматом после выбора.
Если таблица формы, то результат выбора будет виден в событии  обработка выбора для табличного поля