Реализация со склада А(основной), возврат на склад Б(склад брака) - не ставит себестоимость. Потому что нет остатка этого товара на складе Б. Это понятно. Соответственно надо возвращать на тот склад, с которого была реализация, тогда все ок. Получается, чтобы бракованный товар был на складе брака, надо сделать перемещение? Дело в том, что на основании документа Возврата его сделать нельзя,нужно лезть в заказ и там оформлять перемещение. Что вообще странно. Может есть другая процедура по таким случаям?

Да, не пятничная ветка, не пятничная...

(0) укажи фиксированную стоимость СС в ТЧ документа

без указания документа Партии

(3) увы

В строке номер "1" табличной части "Товары": Не заполнено значение реквизита "Документ партии"! Для автоматического отражения вычета в книге покупок по счету-фактуре реализации требуется указание документа партии.

(4) что у вас с ндс и счет-фактурой?

Вот место в модуле, где выводит сообщение:
Если СтруктураШапкиДокумента.ОтразитьВКнигеПокупок
            И Не ПокупателемВыставляетсяСчетФактураНаВозврат
            И НЕ ЗначениеЗаполнено(СтрокаТаблицы.ДокументПартии) Тогда

(4) в документе вкладка "НДС", галка "Покупателем выставляется счет-фактура на возврат"