Есть в базе Организация1 и Организация2.

Есть документ передачи товаров от Орг1 к Орг2.
Есть документ поступления на Орг2 от поставщика.

Поступление записей по НДС не делает
За него делает запись документ передачи, указывая счет-фактурой документ поступления на Орг2.

Перепроведение передачи вообще убрало записи по НДС.

Говорят, что поступление сделано руками.

Тема вообще новая, куда смотреть?

В конфигуратор и отладчик :)))

(1) да ясен пень, что отладчик.
Хотелось бы общую схему перед этим понять.

Сейчас ситуация другая.
Нашелся документ "Распределение НДС", который собственно и пишет все записи
Но они все равно привязаны не к поступлению, а к передаче.

Результат исследований.

1. Поступление на Орг1, 3 позиции в поступлении. Движений по НДС (покупки) нет.
2. Орг2 продает 2 позиции из ранее пришедших. Делается передача этих двух позиции с Орг1 на Орг2. Движений по НДС (покупки) нет.
3. Создается документ "Распределение НДС". У документа передачи появляются движения по НДС (закупки), но по 2 позициям, а не 3 как было в приходе. Эти записи попадают в книгу покупок Орг1 (как и должно быть), но одна позиция (сумма) теряется