БП Ред. 3.0. Пытаюсь сделать свертку базы на начало года. После удаления  в системе осталась куча помеченных документов, удалить которые не удалось: на них есть ссылки. Собственно, что может быть не так при использовании обработки свертки базы?

Ну... если документы используются в остатках, например РТУ и ПТУ на счетах 60 и 62, то никуда они не денутся.

(0) типовое поведение обработки

"типовое поведение обработки"
А какой тогда смысл во всем мероприятии, если половина документов остается в базе?

(3) Быстрее посчитать остатки на текущую дату, зная остатки на начало года + обороты за год, нежели считать обороты за 5 лет

(3) А что по Вашему должно случиться с субконто на остатках?