Есть необходимость хранить более 1 тыс символов в значениях характеристик. На данный момент не дает поставить тип значения характеристики больше чем Строка 1000 символов.
Подскажите какой есть выход?

(0) Вместо Строка (1000) юзать ссылку на справочник с реквизитом Строка (0).

У тебя нет такой необходимости - хранить это в ПВХ.
Если тебе кажется, что есть - надо менять постановку.