Добрый день.
Есть встроенная в конфигурацию обработка, на одной из форм есть кнопка для загрузки xml файлов в базу. Попытался создать регламентное задание по автоматическому периодическому запуску кнопки, но в консоли заданий регламентное задание не выполняется.
До этого сталкивался только с созданием регламентных заданий по запуску обработок, а с запуском кнопки сталкиваюсь впервые

Надо не кнопку нажимать, а выполнять процедуру которая вызывается нажатием этой кнопки.

(1)+ и делать это в не форме обработки, а в модуле

(1) +100. Нажимать кнопки регламентным заданием - такого изврата я ещё не встречал :))

(1) так и делали:
Создали новое регламентное задание, в свойстве "Имя метода" указал ссылку на процедуру общего модуля:

Процедура ЭС_ЭДО() Экспорт
Обработка = Обработки.EDI.Создать();
    Обработка.ПроверитьНаличиеФайлов( "ORDER" );
    Обработка.ПроверитьНаличиеФайлов( "RECADV" );
КонецПроцедуры

В обработке EDI "ПроверитьНаличиеФайлов" как раз и вызывается при нажатии на кнопку

Процедура находится в модуле обработки

(5) в чем тогда вопрос?

Запускаю консоль заданий, чтобы проверить выполнение обработки, а там пусто, задание не выполняется

(7) потому что вызов нужно делать не из модуля обработки а модуля в конфигурации. Особенно в фоновых заданиях.

Вот эта же процедура находится в общем модуле конфигурации:
Процедура ЭС_ЭДО() Экспорт
Обработка = Обработки.EDI.Создать();
    Обработка.ПроверитьНаличиеФайлов( "ORDER" );
    Обработка.ПроверитьНаличиеФайлов( "RECADV" );
КонецПроцедуры

Может быть я обращаюсь неправильно к обработке:
Обработка = Обработки.EDI.Создать();

Для начала протестирует свой код в режиме выполнения на сервере а не на клиенте

Посмотрите в журнале регистрации.