Установили eToken, в оснаске сертификатов появился сертификат.
1С(библ элект документов) его не видит.
Почему?

проверяй где происходит подпись на сервере или на клиенте

Установи в хранилище сертификатов

Если на сервере, соответственно пользователь от имени которого стартует сервер, видит сертификаты?

(1) на клиенте

(4) Что за конфа?

(5) 1С: Библиотека электронных документов

+ и в БП 3.0 тоже самое

А IE  его видит?

И в БП там 2 галки
Проверять подписи и сертификаты на сервере и подписывать на сервере. Обе сняты?

(9) сняты

(10) ->(2). Это раз, два в свойствах сертификата посмотри путь сертификации, все ли нормально (например, зареган ли корневой центр)

А что с IE?

И вопрос для какой крипто-системы создавали сертификат? А то говорят есть проблемы если сертификат создан для крипто-про,а  ты випнет юзаешь и наоборот