На основе одного xml файла надо написать другой изменениями.Как это проще сделать?

Скопировать

надо добавлять новые теги, некоторые тэги удалять

(0) Руками.
Читаешь данные одного xml, сохраняешь где-нить, формируешь данные другого xml. :)

(4) понятно

(2) подтверждение заявки что ли делаешь?

(3) нет,это ответный файл в котором будет указано какие данные загрузились,а какие нет