УПП 1.3
У меня есть документ(График платажей) при записи которого создается еще один документ программно(счет на оплату) и его ссылка записывается в реквизит(СчетОплаты) моего документа

И он отображается в структуре подчиненности моего документа.

В критерии отборов в Связанные документы я убрал галочку с реквизита(СчетОплаты) в котором ссылка на созданный программно документ.

В общем как его убрать оттуда?

Не записывайте в реквизит "Счет оплаты"

(1) Ну мне надо

(2) чем мешает он в структуре подчиненности?

убрать документ из критерия отбора

либо при выводе проверять