Какая среда предпочтительней для изучения ОС разработки приложений?

Сейчас уже без вариантов Android studio, потому что это официальная поддерживаемая среда. Все примеры под нее затачиваются, там команды для системы автоматической сборки gradle в примерах, которая из коробки работает с android студио, а без gradle вы будите постоянно искать копаться как к Eclipse подключить те или иные библиотеки, откуда их скачать и т.п.
Я начал с Eclipse мне пока лень переходить, но уже вот тут надо было откатить версию Android support library до предыдущего релиза, в Android студио это делается командой в 1 строчку, мне пришлось повозится.

У чистого эклипса нет преимуществ перед веддростудией в деле ведроразработки. Просто потому, что ведростудия - это тот же эклипс со своими свистелками.