Делаю программно отмену проведения документов. После этого файл RG1173.DBF увеличился в 4-5 раз и при переносе остатков на начало месяца происходит несколько часов.
а не так, что плюс пришел по Измерение1, а минус ушел по Измерение2
.
в обязательном порядке посмотри есть ли у тебя регламентные документ "Формирование записей книги продаж" и покупок. Это часто не делают и эти регистры пухнут. если нет таких доков - то просто или программно нагенери их на конец каждого месяца или руками повводи (по каждой фирме!) - там тупо просто документ без табличной части и без всяких настроек.
.
Проверь партионку - регистр партий часто пухнет и регистр остатков, закупают на Фирму1, а продают от Фирмы1 и Ип2 - для закрытия - надо или генерить документы перепродажи между фирмами, или править алгоритмы
посмотри - если вы отдаете товар на комиссию - есть ли у вас документы Отчет комиссионера (или иные, которые закрывают комиссию) - прием денег от комиссионера не закрывает его обязательств по товарам (регистр и пухнет!), см.например http://catalog.mista.ru/public/17029/