Ситуация следующая:
1) Была типовая конфигурация БГУ
2) В нее были внесены изменения, конфигурация в хранилище осталась на поддержке с возможностью "Редактируется с сохранением поддержки".
3) Далее конфигурацию выгрузили и обновили до нового релиза БГУ.

Вопрос, как мне обновленную конфигурацию залить в хранилище, чтобы осталась поддержка. Проблема в том, что если я "сравниваю/объединяю конфигурацию подключенную к хранилищу", то не переносятся объекты, находящиеся на полной поддержки. Если же заходить в поддержку, и выбирать обновить конфигурацию, то выдается сообщение что обновления не найдены.

п.3 зачем делали?

А вообще проблем не вижу.
а) захватываем все объекты в хранилище
б)заливаем новый cf, сохраняем
в)заливаем полученное в хранилище

или вообще удаляем хранилище и создаем в конце новое

(2) в хранилище НЕЛЬЗЯ залить цф

(0) вы чего-то не то делаете. Измененная конфигурация обновляется по тому же алгоритму как и типовая. Не надо таких суперсложных движений, куда-то записывать, что-то объединять.

скорее всего придется сделать НОВОЕ хранилище

(3) имелось в виду:
- залить cf в текущую конфигурацию, нажать сохранить (изменения в текущей, а не сохранить в cf); а потом - поместить в хранилище.

(0) Обнови свою базу в хранилище на новый релиз через поддержку, сняв все галки - конфигурация поставщика обновится. Потом сравни-объедини с возможностью удаления с твоим cf-ником - обновится сама конфигурация с твоими доработками

сначала объединить полученный сf , потом поставить на поддержку.

(0) Но правильный вариант - это с самого начала обновлять конфу подключенную к хранилищу, а потом просто помещать результат в хранилище без этих заморочек.