УПП 1.3.67.2. Нашел в модуле документа переоценки вал. средств вот это:
Запрос.УстановитьПараметр("ГраницаОстатковНачалоДня", Новый Граница(НачалоДня(Дата), ВидГраницы.Включая));
Запрос.УстановитьПараметр("ГраницаОстатковКонецДня", Новый Граница(КонецДня(Дата), ВидГраницы.Включая));

И этот запрос выводит не корректные остатки и переоценка делает не корректные бух. проводки.(подробней в УПП, РАУЗ. Переоценка валютных средств. Как она устроена?)

В тестовой базе попробовал заменить на это:
Запрос.УстановитьПараметр("ГраницаОстатковНачалоДня", НачалоДня(Дата));
Запрос.УстановитьПараметр("ГраницаОстатковКонецДня",  КонецДня(Дата));

Так остатки верные и проводки вменяемые.
Остается вопрос, совсем недавно обновил платформу с 8.3.5.1088 на 8.3.6.2076, там что-то поменялось, ибо раньше подобной проблемы не было или может обновление платформы лишь совпадение? Заменить ли типовой код на свой или оставить как есть? В общем не понятная ситуация...