Пишу строку:
ЗапуститьПриложение("D:\AptekaSU\send_AptekaSU.cmd");
cmd - запускать должен скрипт, брать файл архивировать и отправлять по почте.
Результат: Не работает
Где ошибся?

ты не из 1С запускать пробовал?

каталог по умолчанию у такого запуска не тот что ты ожидаешь

>Результат: Не работает
>Где ошибся?

в ЗапуститьПриложение("D:\AptekaSU\send_AptekaSU.cmd")

следующий!

Собственно в файле cmd должны быть прописаны полные пути к запускаемым программам.