Во втором квартале было оформлено поступление товаров. Через несколько дней ввели документ Корректировка поступления, на его основании ввели Корректировочный счет-фактура. Изменение в сумме в сторону уменьшения. Вид корректировки - по соглашению сторон. Галка Восстановить НДС в книге продаж - стоит.
При попытке заполнить док. Формирование записей книги покупок эта корректировка в него не попадает. Соответственно не попадает и в книгу покупок. Сейчас там только первичная счет-фактура полученная, на сумму до корректировки.

В чем может быть ошибка?
Почему при заполнении документа Формирование записей книги покупок в него не попадает эта корректировка?

Если вручную добавить запись док. Формирование записей книги покупок, то в книгу покупок попадает запись, но в записи заполнена только сумма НДС, а общая сумма пустая.

Или может в случае корректировки в сторону уменьшения суммы покупателю не нужно ничего вносить в книгу покупок, а нужно наоборот вносить в книгу продаж?

Запись (разность сумм) попадает в книгу продаж.
Судя по всему так и должно быть. И в документы формирования записей ничего добавлять не нужно.
Если не прав - поправьте.