Вот есть перевыставляемые услуги. Если их НДС провести как Д19.4-К60, то потом его нужно проводить как Д90.3-К68.2. И вроде он пришел и ушел, но на 90.3 он уменьшает прибыль и уменьшает НП.

В конторе сменился ГлавБух, и пержний делал с проведением НДС, а новый говорит, что перевыставляемый НДС не должны делать по нашей оборотке, и как следствие НП будет выше. Вопрос, как правильно?

В (1) ересь написал, а если по делу вы услуги пере выставляете агенские , или типа транспортных которые надо пере выставить покупателю при осуществлении перевозки товаров привлекаемым транспортом?

(1) в договор надо смотреть. Если вы от себя выставляете услугу, то надо включать, а если вы как агент действуете, за агентское вознаграждение, то не надо.

(3)  мне непонятного одно. Как они НДС за первый второй квартал сдавали?

(1) Оба правы по-своему. В двух словах не объяснить. Все это "перевыставление счетов" давно было разъяснено в литературе.
Если есть желание, то поищи почитай. Нет, просто поверь новому ГБ.