Таможня ведет у себя учет поступивших платежей в разрезе 2-х "договоров" - Таможенная пошлина и НДС + таможенные сборы.
А 1С (документ ГТД по импорту) похоже умеет эти расчеты вести только на одном договоре.
Как выкручиваетесь?