В документе Начисление отпуска при автоматическом расчете , на закладке расчет среднего заработка   в колонке сумма заработок заполнен, а в колонке дней расчетного периода дни заполнены не везде. Почему нет дней? из каких регистров они заполняются?

Берется из основных начислений, у которого в настройках вида начисления на закладке время стоит "начисление за полную смену в пределах нормы". Например оклад так настроен, у этого сотрудника какое начисление вместо оклада?