Запрос:
" Выбрать
    |    ЕСТЬNULL(РаботникиОрганизацийСрезПоследних.ПодразделениеОрганизации.Наименование, 0) Как Подразделение,
    |    ЕСТЬNULL(РаботникиОрганизацийСрезПоследних.Должность.Наименование, 0) Как Должность,
    |    РаботникиОрганизацийСрезПоследних.Сотрудник,
    |    ВнутреннийЗаказ.Ответственный,
    |    КОЛИЧЕСТВО(ВнутреннийЗаказ.Ссылка) КАК КоличествоЗаМесяц,
    | КОЛИЧЕСТВО(ВЫБОР КОГДА ВнутреннийЗаказ.Дата МЕЖДУ &ДатаН И &ДатаК ТОГДА ВнутреннийЗаказ.Ссылка КОНЕЦ) КАК КоличествоЗаДень
    |ИЗ
    |    Документ.ВнутреннийЗаказ КАК ВнутреннийЗаказ
    |        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрСведений.РаботникиОрганизаций.СрезПоследних(&ТекДата, ) КАК РаботникиОрганизацийСрезПоследних
    |        ПО ВнутреннийЗаказ.Ответственный.ФизЛицо = РаботникиОрганизацийСрезПоследних.Сотрудник.Физлицо
    |ГДЕ
    |    ВнутреннийЗаказ.Дата МЕЖДУ &ДатаНачалаМесяца И &ДатаК
    |СГРУППИРОВАТЬ ПО
    |    ВнутреннийЗаказ.Ответственный,
    |    РаботникиОрганизацийСрезПоследних.ПодразделениеОрганизации,
    |    РаботникиОрганизацийСрезПоследних.Должность,
    |    РаботникиОрганизацийСрезПоследних.Сотрудник"

Если у сотрудника были разные должности(заходил как снабженец или как управленец) в итоге будет две одинаковые записи для сотрудника у которых будет различаться только должность. Как можно избавиться от этого?

...сотрудника были разные должности...

Это как? Человек исполнял обязанности  рамках одной должности, а потом его перевели на другую? Тогда это разные сотрудники (но одно физлицо) - вроде так.

(1) Это один сотрудник.

ПО ВнутреннийЗаказ.Ответственный.ФизЛицо = РаботникиОрганизацийСрезПоследних.Сотрудник.Физлицо
И РаботникиОрганизацийСрезПоследних.ЗанимаемыхСтавок > 0