1С8 ЗУП сотрудник получил гражданство, по какой причине не берется НДФЛ взятый раньше по ставке 30%
Начисляется НДФЛ по новой и ранее уплаченный НДФЛ по ставке 30% к зачету не берется

НК РФ, глава 23, статья 231

"1.1. Возврат суммы налога налогоплательщику в связи с перерасчетом по итогу налогового периода в соответствии с приобретенным им статусом налогового резидента Российской Федерации производится налоговым органом, в котором он был поставлен на учет по месту жительства (месту пребывания), при подаче налогоплательщиком налоговой декларации по окончании указанного налогового периода, а также документов, подтверждающих статус налогового резидента Российской Федерации в этом налоговом периоде, в порядке, установленном статьей 78 настоящего Кодекса."

(1) возвращать нельзя, а зачитывать в счет НДФЛ по ставке 13 - можно

Посмотри  в документе "Начисление ЗП", закладка НДФЛ, должны появиться записи с минусовым НДФЛ за те месяца, когда он был нерезидентом.

А при выплате ЗП в колонку НДФЛ ранее удержанный не добавляется по причине (1)

(2) Я не понял, он про зачет в каком смысле спрашивал, написал и про то, и про это.

Писатели - не читатели :)
ТС однозначно сказал о ситуации, которую ему нужно решить - "...ранее уплаченный НДФЛ по ставке 30% к зачету не берется".

(5) ТС не сказал ничего по делу, поэтому, да - писатели не читатели и не телепаты.
Но если Вы поняли что у ТС не так, то лучше помогите вместо (5)

Ок. Телепатирую: вместо изменения статуса налогоплательщика, его отредактировали так, словно он с самого начала был резидентом.

(7) и? в этом случае начислялся бы НДФЛ с минусом, потому что по ставке 30 начисленного явно больше, чем должно было бы быть к моменту изменения статуса. у ТС так?

(7) Тогда бы у него была переплата, и новый НДФЛ не начислился бы.

(0)+ С самого начала налогового периода сотрудник был не резидент, с Июля месяца стал резидентом.
До мая месяца у сотрудника удерживался НДФЛ по ставке 30%
После того, как он стал резидентом у него не должен удерживаться налог по ставке 13% по той причине, что в этом расчетном периоде у него по ставке 13% за 9 месяцев уже удержана достаточная сумма

Проблема в том, что у сотрудника и далее происходит удержание НДФЛ
У компании стоит настройка сложного учета НДФЛ

Что не настроено подскажите

Посмотри регистр накопления "НДФЛ расчеты с бюджетом".

Если там есть записи по приходу с минусовыми суммами, в размере суммы излишне удержанного налога НДФЛ) - с точки зрения конфигурации, начисление НДФЛ нарастающим итогом в каждом месяце исчисляется правильно.

"удержанного" --> "исчисленного"

(0) Некорректно сформулирован вопрос. Гражданство и резиденство никак не связаны. Гражданин РФ может быть нерезидентом, а иностранец резидентом

(13) Это, точно. Сформулировано некорректно. А заголовок темы - так вообще в духе манеры изречений мэра Киева Кличко :))
Если прочитать вторую фразу, то можно предположить, что сотруднику изменили не только гражданство, но и статус налогоплательщика. Наверное автор забыл сказал явно об изменении статуса налогоплательщика.