Требуется сделать отбор номенклатуры с не нулевым остатком в подборе, что бы выводились на экран только те позиции по которому остаток больше 0. Можно ли как то настроить программу что бы это стало возможным?

Там есть способ подбора из справочника и по остаткам

Ищи

Можно. В обработке подбора надо поставить Подбор по остаткам или по остаткам и ценам. Самое верхнее поле вроде бы