Метаданные изменились. Поэтому десериализация не проходит.
Короче - штатное версионирование пригодно только для конфигураций, в которых не меняются метаданные
(на ходу импровизирую)
Сложно, но можно: написать обработку, которая непосредственно перед обновлением конфигурации выгружает все версии из регистра в объекты, а после обновления - прячет в хранилище их опять. Только с системой нумерации для версий нужно "поколдовать" так, чтобы уникальные номера у версий были и помогали возвращать объекты назад на своё "прежнее" место. Может быть цифровые суффиксы задействовать? Надо подумать.
Закон Брукера: Даже маленькая практика стоит большой теории.