Работаем на 1С УПП 8.2 редакция 1.3 (1.3.70.1)
Коллеги что и где проверить?

https://www.yandex.ru/yandsearch?rpt=rad&text=1C%20Для%20целей%20учета%20НДС%20не%20списано%20...товара%20Вакуумный%20пакет%2C%20счет%20учета%2041.01&redircnt=1446713592.1

(0) скорее всего поставили галку сложный учет НДС, а документы по регистрам НДС не перепроводили.

Где это увидеть?

один из вариантов, в поступлении не поставили "учитывать ндс"

Какие документы движения есть по этой номенклатуре?

есть какой то отчет , то ли партии ндс, то ли еще что. я через него такие косяки находил

(3) посмотри какие регистры двигает док. ПТУ
В БП30 это рег. накопления НДСРаздельныйУчет.
Остатки смотреть можно универсальным отчетом.