Здравствуйте, 2 организации велись в разных базах УПП, после объединения баз все ведется в одной, но в каждой базе номенклатура которая по смыслу одинаковая имела разные наименования. Как можно объединить 2 номенклатуры в одну? может типовыми средствами, документами можно? или же Поиск и Замена Значений?

Можно поиск и замена, можно присвоить одниковые наименования (или артикулы) и ПоискИЗаменаДублирующихсяЭлементов (с ИТС).
Только дату запрета редактирования установить.

(1) Если дату запрета поставить, то  обработка с ошибкой будет вываливаться и не заменит ному

(2) Я и имел в виду установить так, чтобы изменяемые документы под нее не попадали.