Есть регистр уполномоченные лица.
Там указывает кто за кого подписывает документы и основание для этого

В документе реализация товров и услуг в печатных формах благополучно приписывает у поле руководителя это уполномеченное лицо и через запятую основание для этого.

Но если перейти в Счет-фактура выданный и распечатать ее то там только уполномоченное лицо без основания.

Вопрос в том может нужно сделать что то еще чтобы оно там появилось или для счет фактуры это не предусмотрено?

(0) Не помню, но судя по описанию - только поправить в коде

(1) ну в коде поправить проще всего, если конечно не пытаться учесть всевозможные случаи.

Есть регистр ответственные лица организации. Там указан какой то руководитель.

Есть регистр уполномеченные лица. Там указан человек что замещает руководителя

Документы подписывает другой человек, который может это делать на основании приказа №1

И в печатных формах где подставляется Руководитель подставляется этот человек что подписывает по факту.

И должно это быть так: "ФИО, приказ"

В печатных формах документа Реализация товаров и услуг выводится как нужно. Но когда я перехожу в Счет-фактуру и печатую печатную форму, там просто "ФИО"

Вот и вопрос может где что еще нужно заполнить или указать, чтобы и в счет фактуре нормально было.