Периодически журнал регистрации 1С 8.3 портится (неизвестно из-за чего), пишет сообщение, дескать, malformed, и всё. Перенос или удаление файлов журнала регистрации решает проблему, но ценой обнуления журнала.

Читаю http://habrahabr.ru/post/181584/ - вроде все в этой СУБД по теории - однако сбои-то налицо (я очень надеюсь, что сбоит не у всех).

Есть умные настройки SQLite с выбором между скоростью и надежностью: интересно, каковы они в 1С.
http://www.sqlite.org/draft/pragma.html#pragma_synchronous