Подскажите как это можно исправить.

(0)   1-посмотри с какого регистра берут остатки..
2 - найди отличия

Партии надо сравинвать с регистром Остатков товаров

(0) Отловить ситуации, когда списание остатков в минус. В таких ситуациях партии не списаны, а остатки списаны. Вот уже расхождение.

(0) КЗР

При перемещении по ордерной схеме может быть расхождение.

(0) вы пользователь? вызовите специалиста или грамотного пользователя, который отчетами умеет пользоваться, там все есть

Специалисты не хотят работать! Отчетами пользоваться в роди бы умею.
По ордеру перемещений не было.
А вот списание остатков без партий было, но после  перепроведения накладных ошибок по этим позициям не было. И минусов в отчетах не было. Минус появляется только когда остатки в номенклатуре смотрю.

(7) Конфигурация?

8,3 10,3ут

(7) >> Специалисты не хотят работать!
Не верю! Может быть специалисты не хотят бесплатно работать?

за деньги!

(9) Минуса в справочнике номенклатуры?

да

(11) Так пробовал ?
http://2gis.ru/voronezh/search/1c/page/2/center/39.017946%2C51.66073/tab/firms/zoom/11

(7) ...Отчетами пользоваться в роди бы умею...

Какие-то смутные подозрения у меня после прочтения этой фразы.
По русски Вы хорошо пишите или тоже "в роди бы" хорошо?

(13) По аналогии с ТиС 7.7: берете партию (по которой вылез минус, как правило, это поступление) и смотрите движения по этой партии. Причем, период (за который нужно смотреть движения) лучше не ограничивать. Поскольку, это восьмерка - (можно попробовать) открывайте регистр партий, фильтр по проблемной партии.
Бардак в учете у Вас там.

+(16) Забыла: самое главное - все действия на копии базы.

Ну, и хотелось бы глянуть на скрин минусов (в справочнике).

(18) Восстанавливаешь партионный учет по фотографии?