Есть один хозяин у него на участке работают по 5-6 компаний. В целях упр учета написана самописка. Но чтоб передавать в бухучет надо учитывать разделение по фирмам сотрудников.

Было так РС - РаботникиОрганизаций
Измерения - Физлицо и организация.
Ресурсы - занимаемая ставка, подразделение, должность, разряд, график работы итп.

Но со временем придумали схему чтоб один сотр работал на вахте пол месяца в одной конторе в пол месяца в другой. Так же есть сотры, которые одновременно работают в нескольких организациях. Есть которые кочуют реально из одной в другую. А есть еще те кто реально по вахтам и реально на 15 дней в отпуске. Самописка уже работает 3-й год. Теперь я придумал регистр Вахта по организациям. Но тут мне уже не нравится весь этот сыр бор. Нужно концептуально решить проблему.
Как? Есть идеи?

Разделение нужно прежде всего разделить оперативно затраты по ЗП и по питанию на каждую фирму. Ну и конечно же все другие затраты.

(0) аналитика по организациям уже есть. зачем доп. регистр?

Из вопроса неясно какие данные должна предоставить система по первому требованию. Думаю, если автор разберется с этим вопросом, то и ветка на форуме не нужна будет.

(2) Есть куча отчетов где должно выскочить организация основная. И потом как фиктивно привязать что с 1 го числа до 15 го Иванов работает в компании А а с 16го по 31 го работает в компании В?

(3) Разные.

(4) Ну добавить реквизит Вид занятости - основное место работы, не основное, какие ещё вам надо.
А 15 дней в отпуске это уже другой регистр, Состояние работников называется. В ЗУПе так по крайней мере сделано.

(4) Была мысль добавить реквизит или ресурс "основное" и "не основное". Но как вытащить организацию у Сотрудника по вахтам. Он условно 15 дней работает в первой компании и вторую 15 дней в другой.

ну сделать 2 табеля.