Запускается фоновое задание, отрабатывает некая процедура в которой есть цикл (раньше внутри цикла можно было написать ОбработкаПрерыванияПользователя) - а щас как сервер прервать, если вдруг пользователь передумал ждать?

ФоновоеЗадание.Отменить();

ой, так просто :)

это кнопку отдельную для пользователя на форму?

вешают

ну типа того..
можно еще как в плеерах сделать состояние у лдной кнопки: Пуск/Стоп

Имей в виду, исполнение задания прервется в любой момент, если нужны согласованные изменения в базе, нужно использовать транзакции.