Почему в настройках счета  и по циклу порядок обхода субконто такой:
Контрагенты    
Договоры    
Документы расчетов с контрагентом

а после записи движения, порядок меняется:
Договоры    
Документы расчетов с контрагентом    
Контрагенты

http://i.imgur.com/dbRdZn2.png

как перебрать циклом по правильному?

Когда вы говорите, такое ощущение, что вы бредите (с)

(0) Что значит "по правильному"?

Подозреваю что при записи тупо по алфавиту виды перестраиваются

(2) так как задано в счете
http://i.imgur.com/Px3BqQC.png

в набор пишем по виду - всё гуд.
но при выгрузке набора в тз создаются колонки не по виду субконто а по номеру СубкотоДт1.... СубконтоКт3...
и вот этот порядок мне не нравится. ну или не понятен

зачем циклом что то перебирать когда есть запрос?

мне надо сравнить два набора перед записью и такой же набор в базе

(7) зачем ты к порядку привязываешься ?

ладно уже не важно.
переписал чуть по другому - через сами наборы
ОбщегоНазначения.КоллекцииИдентичны(тзНаборВБазе,НаборНловый.Выгрузить())

конечный смысл был избежать лишней записи набора если набор совпадает с тем что в БД

(7) ну что-то типа этого юзай
                    Для каждого ВидыСубконто Из НоваяСтрока.СчетКт.ВидыСубконто Цикл
                        ПроведениеДокументов.УстановитьСубконто(НоваяСтрока, ВидыСубконто.НомерСтроки, Выборка["СубконтоУчета"+ВидыСубконто.НомерСтроки], Ложь);
                    КонецЦикла;

(11) да так и юзал, так по порядку заданному в счете.
но при записи в регистр и последующей выгрузки в таблицу значений виды выстраиваются по алфавиту