По договору с покупателю можно поставить: обособленный учет товаров. Если в документе поступление товаров услуг указать заказ покупателя тов ергистре Партии товаров на складах, в реквизит "Заказ" пишется заказ покупателя. Это с новыми товарами.
Вопрос: А как товары которые уже есть на складах, отнести к заказу покупателя в в регистре Партии товары на складах?
Если мне память не изменяет, то документом резервирования под заказ товар не только резервируется, но и "обосабливается"если нужно.
PS: у нас РАУЗ и обособленным учетом у нас не пользуются - могу и соврать. Проверьте: в движениях документа, в регистры списанные товары и по партиям должны быть записи с признаком обособленного товара.