Есть 2 сотрудника с одним физическим лицом - один как основной сотрудник, а другой - по договору подряда. В расчетной ведомости сотрудник выходит один - и с начислениями, и с договором подряда в одной строке. В расчетном листе такая же беда. Как сделать, чтобы эти сотрудники выходили отдельно?

Или это принципиальный подход в ЗУП - показывать в целом начисления по физическому лицу, а не сотруднику?

Это принципиальный подход данного отчета. Там же есть такие суммы, которые по сотрудникам не ведутся (НДФЛ, Удержания).
Если хочется подобного по сотрудникам - надо рисовать свой отчет, в котором придумывать алгоритм отражения НДФЛ и удержаний.
Или выводить иерархию: Физлицо, а под ним - все сотрудники физ лица, или прописывать алгоритм распределния сумм удержаний с физ лица по сотрудникам

(2) Спасибо большое за ответ!

(3) Переходи на 3.0, там это реализовано

(4) Не получится, ибо конфа УПП 1.3, а не ЗУП 2.5
Про ЗУП я для простоты написал - ибо функционал одинаковый.