В источнике есть 2 вида документов(Платежное поручение исх, Платежный ордер на списание)
В приемнике эти документы превращаются в Списание с расчетного счета.

Как мне правильно организовать создание номера у документа?

Я хотел префикс базы источника как то указать.

У ПКО после загрузки пробовал изменять Объект.Номер, но он там видимо еще не сформировался

может поможет: УстановитьНовыйНомер(Префикс)

(1) хм интересно, попробую

Но уже сделал так:
В ПКО после загрузки нашел последний номер документа в базе и прибавил 1
Условие выборки: организация и период в размере года в котором находится переносимый документ

А потом присоединил нужный мне префикс