При приёма сотрудника (ещё в Августе) не верно выбрали вид начисления.
Заметили это только в Декабре.
Как попытались исправить.
Нашли документ приёма на работу и руками поменяли в нем вид начисления,
далее ввели документы "Начисление зарплаты" с признаком "Прошлый период" за все месяца что он работал, и от сторнировали начисления с неверным видом расчета (Красным с минусом) и добавил нужные с черным.

Однако при начислении Зп в декабре, в документ "Начисление зарплаты" попало два вида начисления старое и новое, подскажите как лечить? откуда он старое начисление тянуть может? В регистре "Плановые начисления сотрудников организаций" присутствует только запись с правильным видом расчета

См регистр сведений Плановые начисления сотрудников организаций по данному сотруднику за весь период.
Если что-то останется непонятно, выложи его сюда.

(0) А может быть начисление идет из табеля и где-то там мусорную запись находит?
Что там по процедуре заполнения в тч документа можно просмотреть... только код там запутанный, имхо.

А вообще, зря это все затеяли - в прошлых периодов вылавливать блох или баги. Можно было бы одним месяцем перевести сотруднику кадровым перемещением на правильные условия и не мучится. Т.к. в БП (если выгружалось) все равно все улетело по старому виду.

В документах приемы и переводы имеется кнопочка исправить, нужно исправить начисления во всех кадровых документах сотрудника. Далее открываем начисление зарплаты за каждый месяц, нажимаем исправить, пересчитываем сотрудника текущим периодом, у вас скорее всего это еще Декабрь, все.

Если и дальше вылезет лишнее начисление то тогда смотрите по регистру плановые начисления.