в общих чертах как объединить две базы с одинаковой конфигурацией и разными данными. РИБ не использовалось.
Были две копии которые наполнились своими (отличными) данными справочников, контрагентов и т.д.

ВыгрузкаЗагрузкаXML

Потом поиск дублей и замена ссылок

(0) Внести руками остатки в третью, новую базу. Работать в ней.

(2) (1) а если одинаковые будут записи в справочниках, как они вольются в третью базу. Ошибки посыпаться или как это реализовано на уровне СУБД?
Нужны остатки по номенклатуре, содержимое справочников, контрагентов на начало года.

странно но обработка ВыгрузкаЗагрузкаXML(Выгрузка и загрузка данных XML) с диска ИТС не запускается в 1с предприятие 8.2 ((
Я что то не понимаю или она предназначена для управляемых форм.
Но УТ10 не работает в Управляемых формах (не УТ11)

(5) ВыгрузкаЗагрузкаДанныхXML82 бери

Держи: https://yadi.sk/d/fPQtmRsHnN52W

(4) Если у них совпадают ГУИДы (что невозможно, если данные вносились вручную в обе базы независимо), то одинаковые записи "схлопнутся" в одну. Какую последней загрузишь, та и будет в приемнике.
Если ГУИДы не совпадают (твой случай), то будет две разных записи (элемента справочника, документа, ПВХ и т.д.). Никаких ошибок не будет.

Будут дубли, которые тебе придется "схлапывать" после этого каким-либо способом

Cyberhawk Благодарю за пояснение.
"Схлопывание" сделаю через внешнюю обработку "Групповое изменение реквизитов"

(7) Благодарю, обработка рабочая

(11) сделай только на копии сначала перегрузку + замену нескольких дублей, а потом в рабочей ИБ всё уже меняй)

(12) ну естественно )))