После обмена между кассой и центральной базой периодически слетают настройки оборудования. То есть то перестаёт работать сканер штрихкодов то перестаёт работать эквайринговый терминал. Что мне отклюить в настройках обмена (чтобы не передавалась информация по оборудованию) и как это можно сделать?

Так посмотрите, что в цетре - то. если пусто значит так и будет затирать.

А разве нельзя сделать так чтобы в РИБ какие-то объекты совсем не отправлялись? я разово отменил регистрацию объектов при обмене. Но это было разово. А хотелось бы на постоянной основе отменить выгрузку/загрузку объектов определённых типов. Такое возможно сделать или нет?

да, исключи их из состава обмена