Здравствуйте.

Имеется физический сервер, на нём установлен сервер 1С, СУБД, терминальный.

Имя ОС    Microsoft Windows Server 2012 Standard
Версия    6.2.9200 Сборка 9200
Процессор    Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2630 v2 @ 2.60GHz, 2601 МГц, ядер: 6, логических процессоров: 12
Полный объем физической памяти    32,0 ГБ
Размер файла подкачки    4,25 ГБ
Нагрузка на ЦП не более 15, оперативки свободно всегда как минимум 4Гб. Диск не RAID, очередь к нему не более 0,5.

Microsoft SQL Server Management Studio    2012 11.0.2100.60
Перестроение индекса ежедневно. Скулю отдано 10 гб. Вертится ERP + Бух3.0.

Платформа 8.3.7.1845, ERP 2.1.3.66.
Серверу 1С отдано 10Гб. База ERP весит 6 гб.

Проблема - очень долго открываются списки, документы (совершенно все) - скунд по 5~7.  Замер производительности показывает что 90% времени занимает строка открыть документ.
Справочник.Партнеры.Команда.Контрагенты.МодульКоманды    5    ОткрытьФорму("Справочник.Партнеры.ФормаСписка",    1    

Бух тоже на управляемых формах, но всё летает, открытие по 1~2 секунде. ERP тормозит безбожно. Формы списка типовые, никаких изменений не внесено. В какую сторону копать?

РСЛ включали в базе?

(1) Думаю проблема не в RLS, под полными правами скорость совершенно такая же.

Вероятнее всего у тебя классический кактус с кешем. Особенно остро проблемы с кешем проявляются на "продвинутых" конфигурациях типа УТ11 или ERP
см УТ11. Долго открываются формы.
Проявление проблемы - долгое открытие любой формы. Чистишь кеш и все будет хорошо. И так каждый день :)

По поводу Бухгалтерии на управляемых формах, ты особенно не радуйся.Надо писать так "Бух тоже на управляемых формах, но ПОКА всё летает". Через десяток релизов будет все тормозить из-за кеша.

(3) Почистил и клиентский, и серверный. Без изменений.