1. подобное чаще всего бывает при обмене с другой базой
2. обмены бывают двухсторонними
3. а теперь подумай к чему может привести удаление записей (намекаю, удалятся движения и в другой базе)
Если мне не изменяет память, то попробуй.
Запрос.Текст = "Выбрать Различные
| РегистрОчистки.Регистратор
|ИЗ
| РегистрНакопления.РегистрОчистки как РегистрОчистки
|ГДЕ
| РегистрОчистки.Регистратор.Дата = Неопределено";
Выборка = Запрос.Выполнить().Выбрать();
Пока Выборка.Следующий() Цикл
НаборЗаписей = РегистрыНакопления.РегистрОчистки.СоздатьНаборЗаписей();
НаборЗаписей.Отбор.Регистратор.Установить(Выборка.Регистратор);
НаборЗаписей.Записать();
КонецЦикла;
Все это по памяти написал, поэтому лучше проверить сперва на тестовой.