Например при снятии флажка с элемента справочника нужно, чтобы он пропал из базы корреспондента. Ну и связанные с ним данные тоже, но я подозреваю, что это делается аналогично.

Достаточно ли будет в ПВД_Справочник_ПередВыгрузкойОбъекта написать

Если Объект.Признак = Ложь Тогда

Объект = Новый УдалениеОбъекта(Объект.Ссылка);

КонецЕсли;
?

слишком сложно? или слишком просто?