Получается интересный момент.
Для выборки перебором четырех позиций для цикла

    Пока ЗапросТабличнойЧасти.EOF() = 0 Цикл
        Запрос = Новый Запрос;
        Запрос.Текст =
            "ВЫБРАТЬ
                |ХозрасчетныйОстатки.Субконто2.Код КАК СкладКод,
                |ХозрасчетныйОстатки.Субконто2.Наименование КАК Склад,
                |ХозрасчетныйОстатки.Субконто1.Код КАК НоменклатураКод,
                |ХозрасчетныйОстатки.Субконто1.Наименование КАК Номенклатура,
                |ХозрасчетныйОстатки.КоличествоОстаток КАК КоличествоОстаток
                |ИЗ
                |РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Остатки КАК ХозрасчетныйОстатки
                |ГДЕ
                |ХозрасчетныйОстатки.Субконто1.Код = &НомеклатураКод
                |И ХозрасчетныйОстатки.Субконто2.Код = &СкладКод";
        
        Запрос.УстановитьПараметр("НомеклатураКод", Формат(ЗапросТабличнойЧасти.Fields("1s").value, "ЧГ=0"));
        Запрос.УстановитьПараметр("СкладКод", КодСкладаОтправителя);
        РезультатЗапроса = Запрос.Выполнить();
        ВыборкаНом = РезультатЗапроса.Выбрать();

Время выполнения в четыре раза больше чем для того же цикла но
    Пока ЗапросТабличнойЧасти.EOF() = 0 Цикл

        Отбор = Новый Структура;
        Отбор.Вставить("Субконто2", Справочники.склады.НайтиПоКоду(КодСкладаОтправителя).Ссылка);
        Отбор.Вставить("Субконто1", Справочники.Номенклатура.НайтиПоКоду(Формат(ЗапросТабличнойЧасти.Fields("1s").value, "ЧГ=0")).Ссылка);

        КоличествоОстатокДт = "КоличествоОстатокДт";
        Результат = РегистрыБухгалтерии.Хозрасчетный.Остатки(ТекущаяДата(),ВидыСубконто,Отбор);

Не понятно почему прямой запрос занимает больше времени чем тот же запрос но через существующую функцию..

Остатки в первом случае не на текущую дату, а на конец времен (31.12.3999)

Запрос в цикле? Расстрелять...

(0) Время разное т.к. запросы разные

+(1) и условия нужно пихать в параметры виртуальной таблицы, а не в ГДЕ

Ну и Субконто1.Код = &НомеклатураКод это не то же самое, что во втором случае

Короче КГ/АМ

(0) делаешь внешнию таблицу по своим данных. находишь по коду номенклатуру склад, индексируешь эти поля, помещаеш во временную. в параметры виртуальной таблицы остатков делаешь условие на (Субконто1,Субконто2) В (ВЫБРАТЬ ВТ.Склад,ВТ.Номенклатура ИЗ ВнешнияТаблица КАК ВТ).

(0) в первом случае. у тебе отбор накладывается уже после прочтение остатков. то есть ты все получил. а потом отобрал. нужно задавать параметры как у тебя во втором варианте. по этому быстрее. и не используй .Код, передавай уже ссылку на элемент. ну и пробуй (7)

(7)а зачем внешнюю ТЗ???, сразу времянку делать

(9) я про параметр внешния тз, ее выбираем. по ней ищем склады и номенклатуру. а уже дальше эту таблицу используем в снятие остатков

(2) судя по "EOF()" вполне имеет право на жизнь

(0) Чтобы считать оба варианта идентичными, запрос должен быть вроде этого:

ВЫБРАТЬ
  Номенклатура.Ссылка КАК Номенклатура,
  Склады.Ссылка КАК Склад,
  Номенклатура.Код КАК НоменклатураКод,
  Склады.Код КАК СкладКод,
  Номенклатура.Наименование КАК НоменклатураНаименование,
  Склады.Наименование КАК СкладНаименование
ПОМЕСТИТЬ НоменклатураСклад
ИЗ
   Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура
    ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ Справочник.Склады КАК Склады
      ПО (Номенклатура.Код = &НоменклатураКод
                И Склады.Код = &СкладКод)
;
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
ВЫБРАТЬ
  НоменклатураСклад.СкладКод КАК СкладКод,
  НоменклатураСклад.СкладНаименование КАК Склад,
  НоменклатураСклад.НоменклатураКод КАК НоменклатураКод,
  НоменклатураСклад.НоменклатураНаименование КАК Номенклатура,
  ХозрасчетныйОстатки.КоличествоОстаток КАК КоличествоОстаток
ИЗ
   РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Остатки(&ТекущаяДата, , &ВидыСубконто, (Субконто1, Субконто2) В
       (ВЫБРАТЬ
          НоменклатураСклад.Номенклатура,
          НоменклатураСклад.Склад
        ИЗ
          НоменклатураСклад КАК НоменклатураСклад)) КАК ХозрасчетныйОстатки
ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ НоменклатураСклад КАК НоменклатураСклад
       ПО ХозрасчетныйОстатки.Субконто1 = НоменклатураСклад.Номенклатура
         И ХозрасчетныйОстатки.Субконто2 = НоменклатураСклад.Склад

Всем огромное спасибо за разъяснение. Особая благодарность МаЗеПе и Дмитрию..