При проведении документа "Ведомость в банк" в 2016 году этим документом делается перерасчет удержанного НДФЛ за 2015 год в регистре "НДФЛ расчеты с бюджетом". НДФЛ считается нарастающим итогом в течении года, как отключить перерасчет НДФЛ за прошлый год?

Наверно вы имеете в виду документ "Выписка из банка на перечисление зарплаты"? Посмотрите в настройках параметров учета по этой организации на закладке Выплата зарплаты. Там есть День выплаты за первую пол. мес. и за месяц. Если это у вас заполнено, то надо поставить там 0 и перепровести док. Начисление зарплаты и док. Выписка. Наверно это косяк ЗУПа, но на эту дату делается лишний расход НДФЛ в бюджет документом Выписка.