ПКГС табличной части документа, обработчик "Перед обработкой":

ТаблицаТоваров = Новый ТаблицаЗначений;
Выполнить(Алгоритмы.СформироватьТаблицуТоваровСКомплектующими);

Часть алгоритма СформироватьТаблицуТоваровСКомплектующими:

РезультатЗапроса              = Запрос.ВыполнитьПакет();
ТаблицаТоваров                = РезультатЗапроса[1].Выгрузить();
ТаблицаПоТоварамБезКомплектов = РезультатЗапроса[2].Выгрузить();
Источник.ПодготовитьТаблицуТоваров(ТаблицаТоваров, Новый Структура());

В модуле объекта документа имеется
Процедура ПодготовитьТаблицуТоваров(ТаблицаТоваров, СтруктураШапкиДокумента) Экспорт

Так какого КД при выгрузке документа выдает ошибку

Ошибка в обработчике события ПередОбработкойВыгрузки группы свойств
    ПКО                    =  РеализацияТоваровУслуг  (Документ: Реализация товаров)
    ПКГС                   =  13  (Товары --> Товары)
    Объект                 =  Реализация товаров АЛКАЛК00001 от 27.01.2016 12:00:00  (Реализация товаров)
    Обработчик             =  ПередОбработкойВыгрузкиГруппыСвойств
    ОписаниеОшибки         =  Метод объекта не обнаружен (ПодготовитьТаблицуТоваров)
    ПозицияМодуля          =  (46)
    КодСообщения           =  48

Ошибка при выгрузке данных: {ВнешняяОбработка.УниверсальныйОбменДаннымиXML.МодульОбъекта(7787)}: Ошибка в обработчике события ПередОбработкойВыгрузки группы свойств
    ПКО                    =  РеализацияТоваровУслуг  (Документ: Реализация товаров)
    ПКГС                   =  13  (Товары --> Товары)
    Объект                 =  Реализация товаров АЛКАЛК00001 от 27.01.2016 12:00:00  (Реализация товаров)
    Обработчик             =  ПередОбработкойВыгрузкиГруппыСвойств
    ОписаниеОшибки         =  Метод объекта не обнаружен (ПодготовитьТаблицуТоваров)
    ПозицияМодуля          =  (46)
    КодСообщения           =  48

????

Поищи в своем модуле объекта "#Если"

(1) Есть такое: #Если Клиент Тогда
Перенес эту процедуру

Процедура ПодготовитьТаблицуТоваров(ТаблицаТоваров, СтруктураШапкиДокумента) Экспорт

в блок #Если Клиент Тогда ... #КонецЕсли
Один хрен - ошибка осталась. Но разве что позиция модуля изменилась:

Ошибка в обработчике события ПередОбработкойВыгрузки группы свойств
    ПКО                    =  РеализацияТоваровУслуг  (Документ: Реализация товаров)
    ПКГС                   =  13  (Товары --> Товары)
    Объект                 =  Реализация товаров АЛКАЛК00001 от 27.01.2016 12:00:00  (Реализация товаров)
    Обработчик             =  ПередОбработкойВыгрузкиГруппыСвойств
    ОписаниеОшибки         =  Метод объекта не обнаружен (ПодготовитьТаблицуТоваров)
    ПозицияМодуля          =  (49)
    КодСообщения           =  48

Ошибка при выгрузке данных: {ВнешняяОбработка.УниверсальныйОбменДаннымиXML.МодульОбъекта(7787)}: Ошибка в обработчике события ПередОбработкойВыгрузки группы свойств
    ПКО                    =  РеализацияТоваровУслуг  (Документ: Реализация товаров)
    ПКГС                   =  13  (Товары --> Товары)
    Объект                 =  Реализация товаров АЛКАЛК00001 от 27.01.2016 12:00:00  (Реализация товаров)
    Обработчик             =  ПередОбработкойВыгрузкиГруппыСвойств
    ОписаниеОшибки         =  Метод объекта не обнаружен (ПодготовитьТаблицуТоваров)
    ПозицияМодуля          =  (49)
    КодСообщения           =  48

1. Ты уверен, что у тебя в источнике именно ДокументОбъект?
2. По идее как раз таки твоя процедура "ПодготовитьТаблицуТоваров" не должна находиться в блоке #Если Клиент Тогда, т.к. скорее всего обмен обрабатывает сервер и соотвественно не видит процедуру.

(3) В алгоритм СформироватьТаблицуТоваровСКомплектующими добавил вывод:
Сообщить("Алгоритм.СформироватьТаблицуТоваровСКомплектующими: "+Строка(Источник)+" "+Строка(ТипЗнч(Источник));
Источник.ПодготовитьТаблицуТоваров(ТаблицаТоваров, Новый Структура()));

Результат:
Алгоритм.СформироватьТаблицуТоваровСКомплектующими: Реализация товаров АЛКАЛК00001 от 27.01.2016 12:00:00 Реализация товаров

Ошибка в обработчике события ПередОбработкойВыгрузки группы свойств
    ПКО                    =  РеализацияТоваровУслуг  (Документ: Реализация товаров)
    ПКГС                   =  13  (Товары --> Товары)
    Объект                 =  Реализация товаров АЛКАЛК00001 от 27.01.2016 12:00:00  (Реализация товаров)
    Обработчик             =  ПередОбработкойВыгрузкиГруппыСвойств
    ОписаниеОшибки         =  Метод объекта не обнаружен (ПодготовитьТаблицуТоваров)
    ПозицияМодуля          =  (48)
    КодСообщения           =  48

(4) У тебя "Источник" - "ДокументОбъект.РеализацияТоваров" или "ДокументСсылка.РеализацияТоваров"? Скорее всего второе

Источник.ПолучитьОбъект().ПодготовитьТаблицуТоваров(ТаблицаТоваров, Новый Структура()));

(6) Спасибо! Получилось!
Алгоритм.СформироватьТаблицуТоваровСКомплектующими: Реализация товаров АЛКАЛК00001 от 27.01.2016 12:00:00 Реализация товаров
Вышли из Алгоритм.СформироватьТаблицуТоваровСКомплектующими: Реализация товаров АЛКАЛК00001 от 27.01.2016 12:00:00

Окончание выгрузки: 15.02.2016 7:56:11

Выгружено объектов: 10

Забавный префикс "АЛКАЛК"

(8) Префикс базы + префикс предприятия.
Может какой-то из них убрать?

(9) Да не, так забавнее, мне нравится