Вторая конфигурация пустая - т.е. есть возможность создать ее структуру так что бы перенос выписок было делать проще.

Перенос откуда, из текстовых файлов что ли?
Я брал типовую обработку, делал внешней - там парсинг уже весь есть

Из типовой бухгалтерии в самописную конфигурацию

Странный вопрос: тебе виднее, что нужно иметь в приемнике

Я спрашиваю каким методом это лучеше сделать через xml, через сом соединение, черз txt и что там еще бывает.

Какой способ лучше хочу узнать.

Перенос должен быть регулярным, автоматическим по расписанию. План обмена для этих целей удобно использовать?

План обмена, конечно