Как настроить сравнение конф-ций, чтобы не учитывались пробелы.
Например:
и = 2;
  и = 2;
не было разницы

оно не такое умное

Можно поставить внешний сравняльщик. Типа kdiff

(2) Т.е. только куда то выгружать и сравнивать?

(3) Зачем? В свежих платформах есть возможность указать внешний дффиер